Nachdem durch zahlreiche Bodenfunde die Besiedlung des Raumes um die heutige Stadt Paderborn schon seit der Altsteinzeit belegt ist, gewann dieses Gebiet durch die germanische Völkerwanderung im 7. Jahrhundert eine historisch fassbare Bedeutung. Seit dieser Zeit gehörte das Paderborner Land zum westlichen Siedlungsraum des germanischen Stammes der Sachsen. Seit 772 war dieses Gebiet unmittelbar von den von Karl dem Großen ausgelösten Sachsenkriegen betroffen. Nach der Unterwerfung der Sachsen gründete der Frankenherrscher hier im ehemals sächsischen Herzogtum Engern die Karlsburg mit der karolingischen Pfalz und Kirche oberhalb der Paderquellen.

Schon 777 hielt Karl die erste Reichsversammlung auf dem unterworfenen Territorium ab. Bis zum legendären Treffen des Kaisers mit Papst Leo III. Ende 799 folgten fünf weitere Reichsversammlungen im Gebiet der Lippe- und Paderquellen. Aufgrund Karls Versprechen, dem aus Rom vertriebenen Papst bei der Durchsetzung seiner Rechte militärischen Beistand zu gewähren, sicherte Leo III. dem Kaiser noch in Paderborn die Kaiserkrönung zu. Fast auf den Tag genau ein Jahr später, am Weihnachtsabend 800, wurde Karl der Große in Rom zum Kaiser gekrönt.

Nach Verleihung der Immunität an die Paderborner Kirche durch Kaiser Ludwig den Frommen im Jahre 822 ist die Übertragung der Gebeine des Heiligen Liborius von Le Mans nach Paderborn als weiterer Meilenstein in der Geschichte der Stadt Paderborn zu begreifen. Damit waren zugleich enge Beziehungen zwischen dem westlichen Teil des Frankenreichs und dem neu hinzu gewonnenen Gebiet an der damals östlichen Grenze des Frankenreichs hergestellt worden. Dies wird unter anderem durch die Bildung einer Schutz- und Gebetsgemeinschaft der beiden Kirchen von Le Mans und Paderborns unterstrichen.

Im 10. und 11. Jahrhundert folgten weitere Aufenthalte deutscher Kaiser an der Pader. Die eigentliche Gründung der Stadt, nach dem Dortmunder Stadtrecht, erfolgte sehr wahrscheinlich erst um das Jahr 1000. Nach mehreren Stadtbränden, Wiederaufbauphasen und Erweiterungen erreichte Paderborn im 11. und 12. Jahrhundert für die Epochen des Mittelalters und der frühen Neuzeit seine größte Ausdehnung. Erst im Verlauf des 19. Jahrhunderts sollte die Bebauung den engen Mauergürtel des Mittelalters überwinden.

Das gestiegene Selbstbewusstsein der Paderborner Bürger führte seit dem ersten Drittel des 13. Jahrhunderts zu Spannungen mit den Paderborner Bischöfen als obersten Herren der Stadt. Diese Situation führte 1275 schließlich zur Verlegung der bischöflichen Residenz nach Neuhaus. Seit 1295 ist die Stadt Paderborn als Mitglied der Hanse nachgewiesen. Im Jahre 1327 ist das Recht zur Mitgliedschaft in dieser Kaufleutegemeinschaft - wie auch die Berechtigung zur freien Ratswahl - der Stadt durch Bischof Bernhard V. formell zugestanden und bestätigt worden.

Nachdem Paderborn im Spätmittelalter zweimal von der Pest heimgesucht worden war, wurde der Eintritt in die Neuzeit schon im Jahre 1506 durch eine weitere Katastrophe verdunkelt. In jenem Jahr waren 300 Häuser einem Großbrand zum Opfer gefallen. Aufruhr und Ausschreitungen bestimmten den Alltag Paderborns im Jahre 1528, als die Reformation in der Stadt ihren Anfang genommen hatte. Die Stadt bzw. ihre Bürgerschaft waren fortan bis zum Beginn des 17. Jahrhunderts zum größten Teil Anhänger des neuen Glaubensbekenntnisses. Die Hinwendung Paderborner Bürger zum evangelischen Glauben läßt sich unter anderem durch den Fassadenschmuck der Häuser und aus der Entwicklung einzelner Menschen in dieser Zeit belegen. Beispiele dafür sind die Giebelfront des Adam und Eva-Hauses und der 1502 in Paderborn geborene Maler und Kupferstecher Heinrich Aldegrever.

Bürgerschaft und Magistrat mit Gewalt unterworfen

Mit der Berufung des Jesuitenordens nach Paderborn durch das Domkapitel im Jahre 1580 wurde aber ein entscheidender Schritt in Richtung Rekatholisierung der Stadt getan. Verstärkt wurden die Tendenzen der Gegenreformation in Paderborn durch die 1585 erfolgte Wahl Dietrichs von Fürstenberg zum Bischof. Als überzeugter Katholik nutzte Dietrich von Fürstenberg seine lange Amtszeit von 33 Jahren konsequent für die Wiederherstellung des alten Glaubens und der landesherrlichen Gewalt in der Hauptstadt seiner Diözese. Nach langen Jahren der Wirren und Auflehnung gegen den Landesherrn wurden Bürgerschaft und Magistrat 1604 mit Gewalt unterworfen und der Bürgermeister Liborius Wichard hingerichtet. Für die Stadt bedeutete diese Niederlage den Verlust aller städtischer Freiheiten, was der Gegenreformation zum Durchbruch verhalf.

Nachdem die Jesuiten bereits 1585 die Domschule übernommen hatten, unterrichteten sie im darauf folgenden Jahr bereits 400 Schüler. Auf dem Gelände des ehemaligen Minoritenklosters am Kamp wurde im Jahre 1592 das Jesuitenkolleg eingerichtet, das kurz darauf einen Neubau erhielt. Weitere Neubauten am Übergang vom 16. zum 17. Jahrhundert waren in Paderborn das Gymnasium Theodorianum, das Kapuzinerkloster und das Rathaus im Stil der Weserrenaissance. Äußeres Zeichen der gelungenen Gegenreformation in Paderborn war die Gründung der Jesuitenuniversität in der Stadt im Jahre 1614 durch Bischof Dietrich von Fürstenberg. Damit ist diese Universität die älteste Hochschule in Westfalen.

Letzte Protestanten aus der Stadt vertrieben

Während des Dreißigjährigen Krieges war Paderborn wechselnden Besatzungen, Belagerungen und Plünderungen ausgesetzt. Von diesen Heimsuchungen ist besonders die Besatzungszeit durch Truppen des »Tollen Christians« im Jahre 1622 in unguter Erinnerung geblieben. Der Domschatz sowie die Bevölkerung wurden geplündert und der mittelalterliche Liborischrein geraubt und eingeschmolzen. Aus dem so gewonnenen Edelmetall ließ Herzog Christian von Braunschweig-Wolfenbüttel in Soest die sogenannten »Pfaffenfeindthaler« prägen. Während dieser Besatzungszeit wurde Paderborn noch ein Mal für wenige Monate wieder evangelisch. Aufgrund der Ausschreitungen der Soldateska des Welfenherzogs hatte der Protestantismus in der Stadt jedoch den letzten Kredit verspielt. Nach dem Abzug des Braunschweigers wurde der katholische Glauben wieder hergestellt und letzte Protestanten aus der Stadt vertrieben. Eine evangelische Gemeinde bildete sich in Paderborn erst nach dem Anschluß des Fürstbistums an das Königreich Preußen nach dem Jahr 1802 neu.

Nach den verheerenden Folgen des Dreißigjährigen Krieges teilte Paderborn das Schicksal vieler deutscher Städte, es war auf die Bedeutung einer Ackerbürgerstadt herabgesunken. Nachdem die Wunden des Krieges im Verlauf der ersten Hälfte des 18. Jahrhunderts wieder verheilt waren, führten wechselnde Besatzungen und Durchzüge fremder Truppen während des Siebenjährigen Krieges zwischen 1756 und 1763 zu einem erneuten wirtschaftlichen Niedergang. Am Ende des 18. Jahrhunderts sollte der Stadt in den Jahren 1795 bis 1798 eine bedeutende Rolle als Aufbewahrungsort der Reichsinsignien der deutschen Kaiser zufallen.

Das Fürstbistum Paderborn wurde 1802 aufgehoben und fiel an das Königreich Preußen, kurz darauf gehörte die Stadt aber zum Klientelkönigreich Westfalen unter dem König Jerome einem Bruder Napoleons. Ab 1813 wieder preußisch erhielt das 1816 zur Kreisstadt erhobene Paderborn eine Garnison. Im Jahre 1818 erfolgte die Aufhebung der Universität Paderborn, die aber erst 1844 durchgeführt wurde. Der Weiterbestand der Einrichtung als Philosophisch-Theologische Lehranstalt blieb trotzdem unangetastet.

Die Gründung der Kreissparkasse Paderborn und der Anschluß an das Eisenbahnnetz in den Jahren 1848 und 1850 läuteten den Eintritt der Stadt in das Industriezeitalter ein. Kurz darauf 1854 wurde in der Stadt das erste Gaswerk eröffnet. Der von Otto von Bismarck in den 1870er Jahren ausgelöste Kulturkampf mit der katholischen Kirche führte 1875 zur Verhaftung und Absetzung des Paderborner Bischofs Konrad Martin und führte in der Folgezeit bis zum Ende des Kaiserreichs zu einem gespannten Verhältnis zwischen der Stadt und dem Staat.

Weitere geschichtsträchtige Daten der Paderborner Geschichte im 19. und zu Beginn des 20. Jahrhunderts waren die Gründung der ersten Blindenschule Westfalens durch Pauline von Mallinckrodt, einer Schülerin der Dichterin Luise Hensel, die Inbetriebnahme des Fernsprechbetriebs mit 22 Teilnehmern 1892 und die Eröffnung des Straßenbahnbetriebs im Jahre 1900. Anschluss an das Stromnetz erhielt die Stadt durch die Gründung der Paderborner Elektrizitätswerke Aktien-Gesellschaft (PESAG).

Während der Weimarer Republik wurde das Bistum Paderborn zum Erzbistum und zur Zentrale der mitteldeutschen Kirchenprovinz erhoben. Eine weitere Aufwertung erfuhr die Stadt 1933, als das Westfälische Landestheater in Paderborn seinen ersten Vorhang öffnete, das aber schon 1945 nach Castrop-Rauxel verlegt wurde. Während des Dritten Reiches traten an die Stelle der bisher zum größten Teil durch die Zentrumspartei gestellten Politiker und Beamten in der Stadtverwaltung überzeugte Nationalsozialisten. In diese Zeit fällt wie in vielen anderen Städten auch die Zerstörung der Synagoge im November 1938. Schon 1940 hatte Paderborn den ersten Luftangriff erlitten. In den Jahren 1941 bis 1943 wurden die jüdischen Einwohner Paderborns in die Konzentrations- und Vernichtungslager deportiert. Der Zweite Weltkrieg fand im Frühjahr 1945 seinen dramatischen Abschluss durch mehrere Luftangriffe, durch die 85 Prozent der historischen Altstadt zerstört wurden.

Bereits im Jahre 1946 wurde in der zerstörten Stadt die spätere Pädagogische Hochschule als "Pädagogische Akademie" gegründet. Nachdem der Wiederaufbau 1955 im wesentlichen abgeschlossen war, wurden in den Jahren 1964 bis 1970 die Reste einer karolingischen und einer ottonisch-salischen Kaiserpfalz an den Paderquellen freigelegt. Der Rekonstruktion der salischen Kaiserpfalz ist 1978 abgeschlossen worden.