Das Johann-Adam-Möhler-Institut für Ökumenik ist ein international bekanntes wissenschaftliches Forschungs- und Lehrinstitut der katholischen Kirche, das sich in seiner theologischen Arbeit der Suche nach der Wiederherstellung der sichtbaren Einheit der Kirche verpflichtet weiß. Diesen ökumenischen Gedanken versucht es, wissenschaftlich zu erforschen, in Wort und Schrift zu vermitteln, den ökumenischen Dialog zu fördern und für die Pastoral (Seelsorge) fruchtbar zu machen.

Das Institut ist nach dem Tübinger (später Münchener) Theologen Johann Adam Möhler (1796-1838) benannt, der mit seinem Werk "Symbolik" die Jahrhunderte alte gegenseitige konfessionelle Polemik hinter sich ließ und die Konfessionen in ihren Unterschieden entsprechend ihrer Bekenntnisschriften möglichst sachgerecht miteinander verglich. Er schuf dadurch die Grundlagen der späteren Konfessionskunde, d. h. der wissenschaftlichen Erforschung der christlichen Konfessionen. Die heutige ökumenische Theologie fußt auf den Erkenntnissen der Konfessionskunde, hat bei ihren Forschungen aber wesentlich die Einheit der Christen im Blick.

An diesen ersten katholischen Wegbereiter der konfessionellen Annäherung wollte der damalige Paderborner Erzbischof und spätere Kardinal Lorenz Jaeger erinnern, als er am 19. Januar 1957 das Johann-Adam-Möhler-Institut als "Institut für Konfessions- und Diasporakunde" gründete. Zu dieser Zeit war der ökumenische Gedanke noch keineswegs Allgemeingut in der katholischen Kirche. Erst das Zweite Vatikanische Konzil (1962-1965) brachte auf katholischer Seite den Durchbruch. Das noch junge Institut (seit 1966 "Johann-Adam-Möhler-Institut für Ökumenik") trug durch wichtige Beiträge seinen Teil dazu bei. Der wissenschaftliche Ruf wuchs rasch und beständig in der katholischen Ökumene.

Auch heute betreibt das Institut getreu seiner Satzung "die wissenschaftliche Erforschung und Darstellung von Lehre, Kult, Ordnung und Leben der von der katholischen Kirche getrennten Kirchen und kirchlichen Gemeinschaften, besonders derjenigen reformatorischen Bekenntnisses" und ist dabei an zahlreichen internationalen und nationalen ökumenischen Dialogen aktiv beteiligt.

Die Forschungsergebnisse des Möhler-Instituts werden in zahlreichen Monographien und Sammelwerken, in mehreren theologischen Reihen sowie in der Vierteljahresschrift "Catholica" veröffentlicht. Die Forschungsarbeiten werden durch den aus über 30 in- und ausländischen Theologen bestehenden wissenschaftlichen Beirat unterstützt. 1961 wurde auf dem Gelände des Priesterseminars Paderborn ein Institutsgebäude errichtet. Im Laufe der Jahre entstand hier eine der bedeutendsten Spezial-Bibliotheken für Ökumenik überhaupt. Sie umfasst z. Zt. über 150.000 Bände, ca. 200 laufende Zeitschriften und einen umfangreichen Bestand an Nachschlagewerken. Das Institut ist der Theologischen Fakultät Paderborn angegliedert.

Das wissenschaftliche Kollegium des Möhler-Institutes bilden fünf hauptamtliche Theologen. Ihr Leitender Direktor ist zugleich auch Professor für ökumenische Theologie an der Theologischen Fakultät Paderborn.

Das Möhler-Institut wird getragen vom Erzbistum Paderborn; der Erzbischof von Paderborn steht ihm als Präsident vor. Unterstützt wird das Institut durch den "Verein zur Pflege wissenschaftlicher Forschungen auf dem Gebiete der Ökumenik e. V."